无尘车间压差波动的外因素主要是过滤器阻力的变化，会引起送风量的变化，影响室内压差的波动。那么压制这种外因素干扰，帮助无尘车间压差恢复正常有对策。对于过滤器阻力影响的无尘车间压差，在其运行到一定时期后，系统阻力变化至一定值时，人为及时进行调整。用定风量阀控制压差时，能自动维持送风量不变；采用变速的送风机，以过滤器压差或以实际送风量与设定送风量之差进行风机转速控制，维持风量不变。
无尘车间压差风量外风压的变化会影响，引起车间内压差的波动。这个压差因素对其控制也较容易，要求无尘车间围护结构及门等的气密性好；无尘车间对室外保持压差，相邻无尘车间间保持压差。还有建立必要的压差梯度，当室外风压对无尘车间影响非常大时，能够维持无尘车间内的一定压差而不致出现问题。
无尘车间门的开启、关闭都会引起无尘车间压差的波动。开启时，两无尘车间的压差不能维持，空气会双向交换，进而影响到压差。另外，交换量与两无尘车间的空气温差有关，与人的走动以送、回风口与门的相对位置等有关。为防止反向流的出现，减少开闭无尘车间门，减少人员走动，保持低压差而无反向流出现。
